Мощи Преподобного Сергия († 1392; память его 25 сентября) были обретены 5 июля 1422 г. при преподобном игумене Никоне († 1426; память его 17 ноября). В 1408 г., когда Москва и ее окрестности подверглись нашествию татарских орд Едигея, Троицкая обитель была опустошена и сожжена, иноки во главе с игуменом Никоном укрылись в лесах, сохранив иконы, священные сосуды, книги и другие святыни, связанные с памятью преподобного Сергия.
«Сонаследниками совершенного света и созерцания Пресвятой и Владычной Троицы, — изъяснял святой Григорий Богослов, — будут те, которые совершенно соединятся с совершенным Духом». Преподобный Сергий опытно познал тайну Живоначальной Троицы, потому что жизнью своей соединился с Богом, приобщился к самой жизни Божественной Троицы, т. е. достиг возможной на земле меры обожения, став «причастником Божеского естества» (2 Пет. 1, 4). «Кто любит Меня, — сказал Господь, — тот соблюдет слово Мое; и Отец Мой возлюбит его, и Мы придем к нему и обитель у него сотворим» (Ин. 14, 23). Авва Сергий, во всем соблюдший заповеди Христовы, относится к числу святых угодников, в душе которых «сотворила обитель» Святая Троица; он сам сделался «обителью Святой Троицы», и всех, с кем общался Преподобный, он возводил и приобщал к Ней.
Церковь чтит и тех из учеников и сподвижников Преподобного Сергия, память которых не отмечена в месяцеслове специально, под отдельным днем. Мы помним, что первым пришел к Преподобному на Маковец старец Василий Сухой, названный так за его несравненное постничество. Вторым был инок Якута, т. е. Иаков, из простых крестьян, он безропотно долгие годы нес в обители хлопотное и трудное послушание рассыльного. Пришли, среди прочих учеников, к Преподобному его земляки из Радонежа диакон Онисим с сыном Елисеем. Когда собралось 12 иноков и построенные келлии обнесены были высокой оградой, диакона Онисима авва назначил привратником, потому что келлия его была крайняя от входа в обитель. Под сенью святой Троицкой обители провел свои последние годы игумен Митрофан, тот самый, кто постриг когда-то Преподобного Сергия в ангельский образ и наставил в иноческих подвигах. Могила умершего вскоре блаженного старца Митрофана стала первой на монастырском кладбище. В 1357 году пришел в обитель из Смоленска архимандрит Симон, оставив почетную должность настоятеля в одном из смоленских монастырей ради того, чтобы стать простым послушником у Богоносного Радонежского игумена. В награду за великое смирение Господь сподобил его быть участником дивного видения Преподобного Сергий о будущем умножении его иноческого стада. По благословению святого аввы принял на себя подвиг молитвенного безмолвия блаженный старец Исаакий Молчальник, чье молчание для иноков и внешних было поучительнее всяких слов. Лишь один раз за годы безмолвия отверз уста преподобный Исаакий — чтобы свидетельствовать, как виденный им Ангел Божий сослужил в алтаре Преподобному Сергию, совершившему Божественную литургию. Очевидцем благодати Святого Духа, содействовавшей Преподобному, был также екклисиарх Симон, который видел однажды, как Небесный огонь сошел на Святые Тайны и угодник Божий «причастился огня неопально». Старца Епифания († ок. 1420), бывшего позже, при игумене Никоне, духовником Сергиева стада, Церковь называет Премудрым за высокую ученость и великие духовные дарования. Он известен как составитель житий Преподобного Сергия и его собеседника Святителя Стефана Пермского, похвальных слов им, а также «Слова о жизни и преставлении великого князя Димитрия Донского». Житие Преподобного Сергия, составленное Епифанием через 26 лет по кончине Преподобного, т. е. в 1418 г., было затем переработано прибывшим с Афона иноком агиографом Пахомием Сербом, прозванным Логофетом.
Первым из них был Афанасий (Ощерин), самых преклонных лет, до желтизны седой старец. Патриарх спросил его: «Ты ли ходил на войну и начальствовал над воинами?». Старец ответил: «Да, Владыко святой, понужден был кровавыми слезами». — «Что же свойственнее иноку — молитвенное уединение или воинские подвиги пред людьми?» — Блаженный Афанасий, поклонясь, отвечал: «Всякая вещь и всякое дело познается в свое время. Вот подпись латинян на голове моей, от оружия. Еще шесть памятей свинцовых в моем теле. В келлии сидя, в молитвах, разве смог бы я обрести таких побудителей к воздыханию и стенанию? А было все это не нашим изволением, но по благословению пославших нас на Божию службу». Тронутый мудрым ответом смиренного инока, патриарх благословил и поцеловал его. Он благословил и остальных монахов-воинов и выразил одобрение всему братству Лавры Преподобного Сергия.
В последующее время обитель продолжала быть неоскудевающим светочем духовной жизни и церковного просвещения. Из ее братии избирались на чреду служения многие прославленные иерархи Русской Церкви. В 1744 году обитель за заслуги перед Родиной и верой стала именоваться Лаврой. В 1742 г. в ее ограде учреждена духовная семинария, в 1814 году сюда была переведена Московская духовная академия.